Pólo do ecoturismo em nível mundial, suas principais atrações são as paisagens naturais, os rios de águas transparentes, cachoeiras, grutas, cavernas e dolinas. É a principal atividade da região há muito tempo, além de estar em constante evolução buscando a interferência mínima na natureza. Bonito reúne um conjunto de equipes, empresas, ONGs e órgãos governamentais que buscam organizar e coordenar o ecoturismo, visando sempre a sustentabilidade local e a conservação da natureza. A cidade também influencia os municípios vizinhos, influenciando na forma de incentivar o turismo pantaneiro. As agências da cidade organizam passeios para todo tipo de público, como o mergulho da superfície ou flutuação, rapel, passeios a pé e a cavalo, que permitem conhecer suas atrações naturais e o cotidiano das fazendas. Nos roteiros culturais, conhece-se as lendas, músicas e costumes regionais. É o centro da prática de esportes na natureza, oferecendo grande número de atividades em diferentes atrativos.
Principais atrações incluem:
* Gruta do Lago Azul: foi tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional - IPHAN, sendo inscrita em três dos quatro livros do Tombo, o etnográfico, paisagístico e arqueológico. Vale também dizer que a Gruta do Lago Azul possui uma trilha em forma de escada bem rústica, sendo comparável a descer um prédio de doze andares e, depois subir. Então é melhor dizer que não é recomendável para pessoas com problemas cardíacos.
* Gruta de São Miguel.
* Abismo Anhumas: caverna com acesso apenas com rapel e também possui um lago para mergulho e snorkeling.
* Lagoa Misteriosa: dolina de cerca de setenta metros de profundidade que possui uma lagoa no fundo. Uma lagoa de águas azuis impressionante. A visibilidade da água passa de 40 metros. Megulhadores profissionais já desceram a mais de 200 metros de profundidade nesta lagoa e não encontraram fundo. A água da lagoa vem de fontes subterrâneas, ou seja, ela circula, não está estagnada.
* Aquário Natural Baia Bonita